Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.

053520 VU Algorithmische Bioinformatik (2025S)

6.00 ECTS (4.00 SWS), SPL 5 - Informatik und Wirtschaftsinformatik

Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung

Moodle

Di 04.03. 10:00-12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien

Details

max. 25 Teilnehmer*innen

Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

N Dienstag 04.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 07.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 07.03. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 11.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 14.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 14.03. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 18.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 21.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 21.03. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 25.03. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 28.03. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 28.03. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 01.04. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 04.04. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 04.04. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 08.04. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 11.04. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 11.04. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 29.04. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 02.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 02.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 06.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 09.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 09.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 13.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 16.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 16.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 20.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 23.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 23.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 27.05. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 30.05. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 30.05. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 03.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 06.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 06.06. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 10.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 13.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 13.06. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 17.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 20.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 20.06. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG
Dienstag 24.06. 10:00 - 12:00 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 27.06. 09:30 - 11:30 STB/Hörsaal A Campus Vienna Biocenter 5, 1030 Wien
Freitag 27.06. 09:45 - 11:15 Seminarraum 6, Währinger Straße 29 1.OG

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

a. Ziele: Die Studierenden erwerben die grundlegenden Kenntnisse und das Verständnis der Algorithmen der modernen Bioinformatik in Theorie und Praxis. Die Studierenden können selbstständig Algorithmen entwickeln, einsetzen und existierende Algorithmen modifizieren;
b. Inhalte: Die Lehrveranstaltung gibt einen Überblick über die verschiedenen Algorithmen-Klassen und deren Anwendung in der Bioinformatik wie Randomisierte Algorithmen, Graphen-Algorithmen, Brute Force Algorithmen, Dynamische Programmierung, Combinatorische Algorithmen, Evolutionaere Baum-Rekonstruktion, Clustering Algorithmen, Cominatorial Pattern Matching, Hidden Markov Modelle und Methoden der Computational Proteomics.
c. Methoden: Vorlesung, Hausübungen zu den einzelnen Vorlesungsthemen inklusive Programmierung, Hausübungs-Besprechungen mit Lösungpräsentation durch die Studierenden.
HINWEIS: Die Vorlesung und Hausübungs-Besprechungen werden je nach den aktuell geltenden Corona/COVID-19-Bestimmungen in präsenz, hybrid oder rein in distance learning online abgehalten werden.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Art der Leistungskontrolle: Im Laufe der VU sind Übungsabgaben zu lösen und via Moodle abzugeben. Die Übungen beinhalten das Implementieren von Algorithmen zu Lösung der Aufgaben. Zusätzlich müssen alle Studierende im Laufe der LV Lösungen an der Tafel präsentieren.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

a. Mindestanforderung: Anwesenheit während des Kurses, Präsentation von Ergebnissen, Übungsabgaben. Zum Bestehen müssen mindestens 50% der möglichen Gesamtpunktzahl erreicht werden. Der tatsächlich erreichte Prozentsatz bestimmt die Note.
b. Beurteilungsmaßstab: Die folgenden erreichten Prozentzahlen entsprechen den folgenden Noten:
>=87.5%: Note 1 (sehr gut)
<87.5%: Note 2 (gut)
<75.0%: Note 3 (befriedigend)
<62.5%: Note 4 (genügend)
<50.0%: Note 5 (nicht genügend)

Prüfungsstoff

Relevant sind alle in der Lehrveranstaltung, den Vorlesungen, den Hausübungen und den Übungsbesprechungen vorkommenden Inhalte.

Literatur

Nützliche Literatur für die LV ist "Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach" von Compeau und Pevzner, entweder die zweibändige Version from 2015 oder die Version von 2018 in einem Band.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

Module: BIOINF02

Letzte Änderung: Do 30.01.2025 16:25