Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.
270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biomolekülen (2010S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Labels
Blocklehrveranstaltung. Termin wird bei der Vorbesprechung am 2.3.2010, 17:15 Seminarraum des Instituts fuer Computergestuetzte Biologische Chemie, Waehringerstr. 17, Erdgeschoss, 1090 Wien, festgelegt.
Details
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, ...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Als realistische Anwendungen: Auswertung einer vorgerechneten Trajektorie eines solvatisierten Proteins; Freie Energieberechnungen: Veranschaulichung des Prinzips mittels Gasphasenrechnung; Verwendung von (NOE) Restraints in MD Simulationen; Strukturverfeinerung unter Verwendung von Restraints; Berechnung von NMR-Daten aus einer Simulation. Siehe auch http://www.mdy.univie.ac.at/lehre/nmr_sim.html
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Fortlaufende Beurteilung der Mitarbeit
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
Einfuehrung in biomolekulare Simulation illustriert am Molekulardynamikpaket CHARMM
Prüfungsstoff
Praktische Arbeit mit CHARMM
Literatur
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
CHE II-7, MMB W-3
Letzte Änderung: Fr 31.08.2018 08:55