Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.
270274 UE Übungen zur Computersimulation von Biopolymeren (2019S)
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
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An/Abmeldung
Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
- Anmeldung von Fr 01.02.2019 08:00 bis So 31.03.2019 23:59
- Abmeldung bis So 31.03.2019 23:59
Details
max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert
03.06.-19.06.2019
13-17h, Raeume des Instituts
- Montag 03.06. 13:00 - 17:00 Seminarraum 2 Währinger Straße 38 Dekanat 1. Stock
- Dienstag 04.06. 13:00 - 17:00 Carl Auer v. Welsbach-Hörsaal Chemie Boltzmanngasse 1 HP
- Mittwoch 05.06. 15:00 - 18:00 Seminarraum 3 Organische Chemie 1OG Boltzmanngasse 1
- Donnerstag 06.06. 15:00 - 18:00 Seminarraum 3 Organische Chemie 1OG Boltzmanngasse 1
- Freitag 07.06. 13:00 - 17:00 Seminarraum 3 Organische Chemie 1OG Boltzmanngasse 1
- Mittwoch 12.06. 15:00 - 18:00 Seminarraum 3 Organische Chemie 1OG Boltzmanngasse 1
- Donnerstag 13.06. 14:00 - 18:00 Joseph-Loschmidt-Hörsaal Chemie EG Währinger Straße 42
- Freitag 14.06. 13:00 - 17:00 Seminarraum 1 Analytische Chemie 2.OG Boltzmanngasse 1
- Montag 17.06. 13:00 - 17:00 Seminarraum 1 Analytische Chemie 2.OG Boltzmanngasse 1
- Dienstag 18.06. 13:00 - 17:00 Seminarraum 3 Organische Chemie 1OG Boltzmanngasse 1
- Mittwoch 19.06. 13:00 - 17:00 Seminarraum 2 Währinger Straße 38 Dekanat 1. Stock
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, Verwenden von GPUs...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Abschlussprojekt (Aufsetzen, Durchfuehren und Analyse der Simulation eines Proteins in Wasser)
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Fortlaufende Beurteilung der Mitarbeit. Protokoll zum Abschlussprojekts.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
1) Regelmaessige Teilnahme an der LVA (entschuldigte punktuelle Abwesenheit moeglich, jedoch Anwesenheit von zumind. 80% der Praktikumszeit erforderlich.)2) Die einzelnen Kapitel beinhalten kleine Abschlusstests/-aufgaben, die den Fortschritt testen. Diese sind im Laufe des Uebungen durchzufuehren. Diese Tests/Aufgaben werden mit max. 12 Pkt. bewertet.
3) Abschlussprojekt (Aufsetzen einer Simulation, Durchfuhren einfacher Analysen) (4 Pkt) sowie schriftliches Protokoll uber das Projekt (4 Pkt).Genuegende Anwesenheit vorausgesetzt: > 18 Pkt sehr gut, > 16 Pkt gut, > 12 Pkt befriedigend, >=10 Pkt genuegend.
3) Abschlussprojekt (Aufsetzen einer Simulation, Durchfuhren einfacher Analysen) (4 Pkt) sowie schriftliches Protokoll uber das Projekt (4 Pkt).Genuegende Anwesenheit vorausgesetzt: > 18 Pkt sehr gut, > 16 Pkt gut, > 12 Pkt befriedigend, >=10 Pkt genuegend.
Prüfungsstoff
Praktische Arbeit mit CHARMM
Literatur
siehe www.charmmtutorial.org
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie
Letzte Änderung: Sa 08.07.2023 00:22