Universität Wien
Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.

270275 VO Computersimulation von Biopolymeren (2022S)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 27 - Chemie
Moodle

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Details

Sprache: Deutsch

Prüfungstermine

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

March through Mai, every Wednesday 12:15-14:15, Lecture Hall III Chemie

March 3, 9, 16, 23, 30, April 6 and 27, May 4, 11, 18, 25

  • Mittwoch 02.03. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 09.03. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 16.03. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 23.03. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 30.03. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 06.04. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 27.04. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 04.05. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 11.05. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 18.05. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP
  • Mittwoch 25.05. 12:45 - 14:15 Kleiner Hörsaal 3 Chemie Boltzmanngasse 1 HP

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Einführung in die Molekulardynamiksimulation (MD) von biologischen Makromolekülen.

1) Physikalische Grundlagen (klass. Mechanik, stat. Thermodynamik)
2) Wichtige verwendete Methoden und Algorithmen, u.a., Verletfamilie von Integratoren, Kraftfeldterme, effiziente Berechnung der nichtbindenden Wechselwirkungen, SHAKE, Thermostate, Barostate, particle-mesh Ewald Methode usw.
3) Auf MD aufbauende Methoden, z.B. Berechnung freier Energie Unterschiede
4) Praktisches Aufsetzen von Simulationen, vom PDB File zum Simulationssystem

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Digitale schriftliche Prüfung mit Angabe zum Download (open book, aber fixer Termin)

Es werden 4 Termine angeboten, tentativ
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

50% der möglichen Punkte bei der Prüfung

Prüfungsstoff

S. Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Prüfungsfragen testen grundlegendes Wissen von Methodik der MD Simulation sowie dem Aufsetzen von Simulationssystemen, die die Realität so gut wie möglich wiedergeben

Literatur

Zur Vertiefung:

1) Methodik von MD

https://www.ccp5.ac.uk/sites/www.ccp5.ac.uk/files/DL_POLY/data/4.09/EoMD.v1.2.pdf

(Soweit ich weiss ist das verlinkte PDF File in "the public domain", gerne stelle ich eine lokale Kopie zur Verfuegung)
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

TC-3, CHE II-7, MMBW-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie

Letzte Änderung: Sa 08.07.2023 00:22