Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.
270275 VO Computersimulation von Biopolymeren (2025S)
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Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").
Details
Sprache: Deutsch
Lehrende
Termine
Zur Zeit sind keine Termine bekannt.
Information
Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung
Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel
Digitale schriftliche Prüfung mit Angabe zum Download (open book, aber fixer Termin)Es werden 4 Termine angeboten, tentativ
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.
15. Juni 2022
11. Juli 2022
15. September 2022
sowie Mitte Dezember 2022.
Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab
50% der möglichen Punkte bei der Prüfung
Prüfungsstoff
S. Ziele, Inhalte und Methode der LehrveranstaltungPrüfungsfragen testen grundlegendes Wissen von Methodik der MD Simulation sowie dem Aufsetzen von Simulationssystemen, die die Realität so gut wie möglich wiedergeben
Literatur
Zur Vertiefung:1) Methodik von MDhttps://www.ccp5.ac.uk/sites/www.ccp5.ac.uk/files/DL_POLY/data/4.09/EoMD.v1.2.pdf(Soweit ich weiss ist das verlinkte PDF File in "the public domain", gerne stelle ich eine lokale Kopie zur Verfuegung)
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
2) Aufsetzen von Simulationssystemen:
http://charmm-gui.org/?doc=demo
Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis
MMBW-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie, CH-CBS-01, BC-CHE II-7
Letzte Änderung: Mo 27.01.2025 14:26
2) Wichtige verwendete Methoden und Algorithmen, u.a., Verletfamilie von Integratoren, Kraftfeldterme, effiziente Berechnung der nichtbindenden Wechselwirkungen, SHAKE, Thermostate, Barostate, particle-mesh Ewald Methode usw.
3) Auf MD aufbauende Methoden, z.B. Berechnung freier Energie Unterschiede
4) Praktisches Aufsetzen von Simulationen, vom PDB File zum Simulationssystem