Universität Wien
Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.

300072 UE Applications of admixture genomics (2024W)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 10 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

  • Freitag 08.11. 11:30 - 14:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Freitag 22.11. 11:30 - 14:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Freitag 29.11. 11:30 - 14:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1
  • Freitag 06.12. 11:30 - 14:45 Seminarraum 1.1 PC, Biologie Djerassiplatz 1, 1.003, Ebene 1

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Praktischer Kurs zu Admixture-Genomik. Wir werden publizierte Daten moderner und alter Genome nutzen, Daten filtern und analysieren mit Standard-Tools, sowie Fragmente unter Admixture finden. Dafür wird mit dem Command line interface gearbeitet, scripting in bash, Visualisierung in R, und Anwendung von Command line tools.
Das Ziel ist ein Verständnis von Workflows um Admixture in genomischen Daten zu finden.
Alle Teilnehmenden werden in einer interaktiven Session arbeiten, entweder an ihren eigenen Laptops oder einem PC im Übungsraum.
Keine Vorkenntnisse in Programmierung erforderlich, aber Erfahrung mit Command line, R oder Python ist hilfreich.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Während Session 2 und 4 wird eine Analyse den Studierenden zugeordnet, die sich auf den Inhalt der vorherigen Sessions bezieht.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Das Abschließen der Analyse wird evaluiert.
Anwesenheit ist notwendig.

Prüfungsstoff

Practical application of the topics learned during the sessions.

Literatur

Github repository with all necessary information will be available.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MAN W5, MAN 3

Letzte Änderung: So 06.10.2024 11:06