300641 UE Massenspektrometrie basierte Proteomik II (2015W)

Wir bieten ein Studentenpraktikum (limitiert für 12 Teilnehmer) zum Thema Proteinanalyse mittels Massenspektrometrie (MS) an. In diesem Praktikum werden wir die Grundlagen der MS für Proteine vorstellen und die erforderlichen Kriterien diskutieren, um Protein-Proben von ausreichender Qualität und Reinheit für eine MS-Analyse vorzubereiten. Sie werden Techniken zur Sample Vorbereitung (wie Affinitätsreinigung, Reduktion und Alkylierung der Cysteine, Behandlung mit Trypsin) durchführen. Die von Ihnen vorbereiteten Proben werden mittels RP-HPLC (reversed phase high-pressure liquid chromatography) MS analysiert - die Bedienung des Massenspektrometers wird Ihnen dabei demonstriert werden. Sie werden weiters eine MS-Datenanalyse mit sogenannten Freeware Datenanalyse-Tools wie MaxQuant, OpenMS und Perseus durchführen, wobei Veränderungen im post-translationalen Modifikationsmuster des analysierten Proteins durch -label-free- Quantifizierungsmethoden erfasst werden sollen.