300641 UE Massenspektrometrie basierte Proteomik (2016W)

Wir bieten ein Studentenpraktikum (limitiert für 12 Teilnehmer) zum Thema Proteinanalyse mittels Massenspektrometrie (MS) an. In diesem Praktikum werden wir die Grundlagen der MS für Proteine vorstellen und die erforderlichen Kriterien diskutieren, um Protein-Proben von ausreichender Qualität und Reinheit für eine MS-Analyse vorzubereiten. Sie werden Techniken zur Sample Vorbereitung (wie Affinitätsreinigung, Reduktion und Alkylierung der Cysteine, Behandlung mit Trypsin) durchführen. Die von Ihnen vorbereiteten Proben werden mittels RP-HPLC (reversed phase high-pressure liquid chromatography) MS analysiert - die Bedienung des Massenspektrometers wird Ihnen dabei demonstriert werden. Sie werden weiters eine MS-Datenanalyse mit Freeware Datenanalyse-Tools wie MaxQuant, SeeMS und Perseus durchführen, wobei Unterschied zwischen den Proben qualitative und quantitativ (label-free) erfasst werden sollen.