Universität Wien
Achtung! Das Lehrangebot ist noch nicht vollständig und wird bis Semesterbeginn laufend ergänzt.

301060 UE Praktische Übungen zur Bioinformatik mikrobieller Genome und Metagenome (2020W)

5.00 ECTS (3.00 SWS), SPL 30 - Biologie
Prüfungsimmanente Lehrveranstaltung
Moodle

An/Abmeldung

Hinweis: Ihr Anmeldezeitpunkt innerhalb der Frist hat keine Auswirkungen auf die Platzvergabe (kein "first come, first served").

Details

max. 30 Teilnehmer*innen
Sprache: Englisch

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

-digitale Lehre-
Übung mittwochs 14:00-16:30

  • Mittwoch 07.10. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 14.10. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 21.10. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 28.10. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 04.11. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 11.11. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 18.11. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 25.11. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 02.12. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 09.12. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 16.12. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 13.01. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 20.01. 14:00 - 16:35 Digital
  • Mittwoch 27.01. 14:00 - 16:35 Digital

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

This practical seminar introduces the major computational methods necessary to process, analyse and interpret shotgun metagenomic sequences in theory and practice. Main topics are metagenome assembly, binning, taxonomic characterization, and annotation. Students simulate individual metagenomes first, and test the relevant computational approaches on them. Based on this experience, real metagenomes from recent research projects are analyzed in the second part of the seminar.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

Paper presentation; oral progress reports; written work report.

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Basic knowledge in Bioinformatics and Genomics (as e.g. teached in lecture 300311) are required for participation in this seminar.

Prüfungsstoff

This practical seminar will consist of theoretical (lecture like) introductions to the topics, discussion of selected scientific papers and practical exercises in the computer room.

Literatur

Will be provided during the seminar.

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB W-2, MMB W-3, MMEI II-1.2, MMEI II-2.2, WZB

Letzte Änderung: Fr 12.05.2023 00:24