Universität Wien

301185 VO Structural Bioinformatics I (2023W)

3.00 ECTS (2.00 SWS), SPL 30 - Biologie
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Details

Sprache: Englisch

Prüfungstermine

Lehrende

Termine (iCal) - nächster Termin ist mit N markiert

Schedule:
from 10-12 and 13-16 Uhr
Mo 15.1.2024
Tu 16.1.2024
We 17.1.2024
Th 18.1.2024
Fr 19.1.2024

  • Montag 15.01. 10:00 - 16:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Dienstag 16.01. 10:00 - 16:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Mittwoch 17.01. 10:00 - 16:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Donnerstag 18.01. 10:00 - 16:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien
  • Freitag 19.01. 10:00 - 16:00 CCR03-Raum 1.113 Campus Vienna Biocenter, 1030 Wien

Information

Ziele, Inhalte und Methode der Lehrveranstaltung

Programme Introduction to the molecular graphics and analysis of the most common protein folds with RasMol, Pymol and Chimera. Measurements of structural similarity between proteins, theory and applications (Dalilite, CE, PDBeFold and other tools). Databases of macromolecular structures: the Protein Data Bank, the wwPDB and the ePDB. Databases of structural domains: CATH, SCOP, and SCOP2. Databases of protein domains: Pfam, InterPro, InterProScan. Databases of computational models: ModBase and BioModels. Validation of experimental macromolecular structures. The problem of data redundancy.

Art der Leistungskontrolle und erlaubte Hilfsmittel

mündliche Prüfung

Mindestanforderungen und Beurteilungsmaßstab

Der Student muss in der Lage sein, zwei dreidimensionale Proteinstrukturen zu vergleichen, die wichtigsten biologischen Datenbanken zu kennen und grundlegende Übungen der Molekulargraphik zu lösen.

Prüfungsstoff

Here is a list of specific topics: Superposition, rmsd, m-score, TM-score, techniques of superposition, basic database theory, PDB, CATH, SCOP, ModBase, DisProt, MobiDB, representativeness and redundancy, PISCES, PDBselect.

Literatur

Zuordnung im Vorlesungsverzeichnis

MMB II-2, MMB W-2, MMB III-1a.,MGE III-2, MMEI III, UF MA BU 01, UF MA BU 04

Letzte Änderung: Do 20.02.2025 00:20