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270274 UE Computer laboratory: Computersimulation of Biomolecules (2015S)
Continuous assessment of course work
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Termin der Blocklehrveranstaltung: 13.-30.4., Waehringerstr. 17, EG, immer in Anschluss an die VO (ca 15h) - 18h.
Details
Information
Aims, contents and method of the course
Vom pdb File zum CHARMM Input; Strukturmanipulation mit CHARMM; Energieberechnung und Minimierung; Einführung in die Molekulardynamik; Analyse von Trajektorien - Vergleich zu experimentellen Größen; Methodische Untersuchungen; Überblick über methodischen "State of the Art" (PME, NPT-Simulationen, ...); Aufsetzen eines solvatisierten Systems; Als realistische Anwendungen: Auswertung einer vorgerechneten Trajektorie eines solvatisierten Proteins; Freie Energieberechnungen: Veranschaulichung des Prinzips mittels Gasphasenrechnung; Verwendung von (NOE) Restraints in MD Simulationen; Strukturverfeinerung unter Verwendung von Restraints; Berechnung von NMR-Daten aus einer Simulation. Siehe auch http://www.mdy.univie.ac.at/lehre/nmr_sim.html
Assessment and permitted materials
Continuous evaluation of students' participation
Minimum requirements and assessment criteria
Introduction to biomolecular simulation using the program CHARMM
Examination topics
Practical exercises using CHARMM
Reading list
Association in the course directory
CHE II-7, MMB W-3, SHELL-Ergänzungsfach-Chemie, SHELL-Schwerpunkt-Chemie.
Last modified: Sa 08.07.2023 00:22