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300115 UE DNA Barcoding (2024W)
A new approach to species identification in ecology and biodiversity research
Continuous assessment of course work
Labels
Registration/Deregistration
Note: The time of your registration within the registration period has no effect on the allocation of places (no first come, first served).
- Registration is open from Th 12.09.2024 14:00 to Th 26.09.2024 18:00
- Deregistration possible until Tu 15.10.2024 18:00
Details
max. 12 participants
Language: German
Lecturers
Classes (iCal) - next class is marked with N
Die Übung wird als Präsenzlehrveranstaltung (Vor-Ort) abgehalten.
Bitte beachten Sie die jeweils gültigen Verordnungen der Universität Wien, wie z.B. die Labor- und Werkstättenordnung zur universitären Laborsicherheit unter https://rrm.univie.ac.at/download/ sowie eventuelle Gesundheitsverordnungen (z.B. Corona)!
Vorbesprechung: 02.10.2024 (Erste Kurseinheit, Anwesenheit verpflichtend!).
Datenerhebung im Labor: 04.11.2024 - 18.11.2024.
Datenauswertung am Computer: 11.11.2024 - 14.11.2024.
Abschlusspräsentationen am 15.11.2024.
Protokollkorrekturabgabetermin am 15.12.2024.
Protokollendabgabetermin am 26.01.2025.
- Wednesday 02.10. 11:00 - 11:30 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Monday 04.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Tuesday 05.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Wednesday 06.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Thursday 07.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Friday 08.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Monday 11.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Tuesday 12.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Wednesday 13.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Thursday 14.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
- Friday 15.11. 09:00 - 18:00 Übungsraum 1 (Fakultätszentrum für Biodiversität) Rennweg 1.OG
Information
Aims, contents and method of the course
Assessment and permitted materials
Es besteht Anwesenheitspflicht!
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit grundsätzlich in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Da die Vorbesprechung als erste Kurseinheit gilt und somit die Kursteilname begonnen wurde, ist eine Abmeldung nach der Abmeldefrist (15.10.2024) nur mehr in begründeten Ausnahmefällen möglich (z.B. Arztbestätigung). Wird keine ausreichend begründete Rechtfertigung vorgelegt, muss diese Übung negativ beurteilt werden.Ein zweimaliges entschuldigtes Fehlen während der beiden Übungswochen ist gestattet, somit in Summe zwei Tage (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen (nicht zur Vorbesprechung) mitzubringen.Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Englisch-Kenntnisse zur Literaturauswertung.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Korrekturabgabetermin: Sonntag, 15.12.2024
Endabgabetermine für das schriftliche Protokoll: Sonntag, 26.01.2025.
Der Vorbesprechungstermin gilt als erste Unterrichtseinheit und fällt somit grundsätzlich in die Anwesenheitspflicht! Eine Abwesenheit von angemeldeten Studierenden von der Vorbesprechung ohne vorherige Absprache (Email!) hat die Abmeldung von der Übung seitens des LV-Leiters zur Folge.
Da die Vorbesprechung als erste Kurseinheit gilt und somit die Kursteilname begonnen wurde, ist eine Abmeldung nach der Abmeldefrist (15.10.2024) nur mehr in begründeten Ausnahmefällen möglich (z.B. Arztbestätigung). Wird keine ausreichend begründete Rechtfertigung vorgelegt, muss diese Übung negativ beurteilt werden.Ein zweimaliges entschuldigtes Fehlen während der beiden Übungswochen ist gestattet, somit in Summe zwei Tage (16 Stunden) für die gesamte Übungsdauer. Entschuldbare Gründe sind z.B. ein Arztbesuch mit Bestätigung oder ein zwingender Besuch anderer Lehrveranstaltungen oder Prüfungen.Die Leistungskontrolle erfolgt über drei Teilleistungen (Mitarbeit, Präsentation, Protokoll). Aktive Mitarbeit und Abschlusspräsentation sind während des Blockkurses zu erbringen, das Protokoll ist zu einem späteren Zeitpunkt abzugeben.
Es ist zwingend ein Labormantel zu den Übungstagen (nicht zur Vorbesprechung) mitzubringen.Vorteilhaft zur positiven Absolvierung sind:
(1) Grundlegende Laborerfahrung (z.B. Umgang mit Kolbenhub-Pipetten).
(2) Grundlegende Computererfahrung.
(3) Englisch-Kenntnisse zur Literaturauswertung.
(4) Fähigkeit zur Teamarbeit (üblicherweise in 2er Gruppen).Korrekturabgabetermin: Sonntag, 15.12.2024
Endabgabetermine für das schriftliche Protokoll: Sonntag, 26.01.2025.
Minimum requirements and assessment criteria
Mindestanforderungen für die positive Beurteilung basieren auf folgende Teilleistungen:
(1) Deutschkenntnisse, um dem Unterricht zu folgen.
(2) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(3) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(4) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erreicht werden.
Mitarbeit: 5%.
Präsentation: 25%.
Protokoll: 70%.
(1) Deutschkenntnisse, um dem Unterricht zu folgen.
(2) Aktive Mitarbeit während der Lehrveranstaltung.
(3) Abschlusspräsentation der Ergebnisse in Form einer PPT-Präsentation am letzten Tag der Übung (ca. 15 Min. Redezeit + 5 Min. Diskussion).
(4) Abfassen eines Protokolls im Stil einer wissenschaftlichen Publikation gemäß den Vorgaben der Lehrveranstaltungsleitung mit einem späteren Abgabetermin.Beurteilungsmaßstab:
Jede Teilleistung wird eigenständig bewertet und fließt zu unterschiedlichen prozentualen Anteilen (Prozentpunkte) in die Gesamtbeurteilung der Lehrveranstaltung ein. Für eine positive Gesamtbeurteilung muss mindestens die Hälfte der Prozentpunkte jeder einzelnen Teilleistung erreicht werden.
Mitarbeit: 5%.
Präsentation: 25%.
Protokoll: 70%.
Examination topics
Es gibt keine Zwischen- oder Endprüfungen.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten, Zusatzliteratur und Recherchen im Internet anzufertigen.
Die Präsentation und das Protokoll sind mit Kursinhalten, Zusatzliteratur und Recherchen im Internet anzufertigen.
Reading list
Paul D. N. Hebert, Alina Cywinska, Shelley L. Ball, Jeremy R. de Waard (2003): Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society London Series B 270, 313–321.Alice Valentini, Francois Pompanon, Pierre Taberlet (2009): DNA barcoding for ecologists. Trends in Ecology & Evolution 24(2): 110-117.Fupert A. Collins, Robert H. Cruickshank (2013). The seven deadly sins of DNA barcoding. Molecular Ecology Resources 13(6), 969–975.
Association in the course directory
MZO2, MBO 7, MEC-9, MES 5
Last modified: We 02.10.2024 10:26
Inhalte: Die TeilnehmerInnen erhalten einen Überblick über die weitreichenden Möglichkeiten des DNA-Barcoding in der Ökologie und Biodiversitätsforschung, sowie dessen Grenzen und Tücken im Vergleich zu traditionellen morphologischen Methoden.
Methoden: Die TeilnehmerInnen lernen alle Schritte von der DNA-Extraktion und PCR bis zur Sequenzierung (nach Sanger, Kettenabbruchmethode) ihrer Proben und ihnen werden die Tools vermittelt, einerseits um die Artzugehörigkeit der erhaltenen Sequenzen anhand von Vergleichen mit Gen-Datenbanken zu bestimmen, andererseits um Verwandtschaftsbäume (Stammbäume) zu erstellen.